I år 1769 er området rundt San Francisco-bukta en rolig misjonsstasjon. I år 1846 får byen sitt navn i forbindelse med at USA tar over San Francisco. Det berømte gullrushet starter i 1848, og over 230 000 mennesker ankommer byen. I 1869 blir det transkontinentale jernbanen klar. Verdens første linje kjører mellom Kearny og Jones Street i 1873. På 1880-tallet syder kulturlivet i San Francisco. Mange teatre, biblioteker, universiteter og nyhetsaviser kommer til. Tragisk nok ødelegges de sentrale delene av byen av det store jordskjelvet i 1906. I år 1936 åpner Golden Gate-broen.
Etter andre verdenskrig kommer mer enn 500 000 arbeidere til den nye industrien i området. I 1955 samles USAs første lesbiske gruppe i byen, og homokulturen som er representativ for byen, vokser fram. Hippiene samles i Haight Ashbury-området, studenter fra Berkeley protesterer mot Vietnamkrigen og Black Panthers dannes i Oakland i 1966-71. Aktive kampanjer for homoseksuelle starter i Castro i 1975. Aidsepidemien rammer mange blant San Franciscos homoseksuelle på 80-tallet. Et nytt alvorlig jordskjelv dreper mange mennesker og ødelegger veier, broer og bygninger i 1989. I 1995 åpner Museum of Modern Art og markerer med det en ny byggeboom.
Fra Oslo flyr man enklest til San Francisco Embarcadero Apt (EMB). Typiske priser starter fra 4547 NOK, eller 4547 NOK med direktefly. Flyreiser mellom Oslo og San Francisco tar ca San Francisco Embarcadero Apt. San Francisco sentrum er 4,7 km. fra San Francisco Embarcadero Apt. Andre flyplasser i nærheten av San Francisco er Alameda (NGZ), Sausalito (JMC), Oakland Heliport (JCE), San Francisco (SFO), Oakland (Ca) (OAK).