Nøyaktig når Stockholm ble grunnlagt, er vanskelig å si, men byen eksisterte i 1252 ifølge to skriftlige kilder fra Birger Jarl. En ideelle beliggenheten som en lås mellom Mälaren og Østersjøen gjorde at Stockholm var den byen som vokste mest i landet, og i 1289 var byen Sveriges største. I senmiddelalderen ble byen en maktfaktor i det rikspolitiske spillet mellom de danske unionskongene og den nasjonale bevegelsen som ble ledet av Sturerätten. Alt endte i Stockholms blodbad, en massehenrettelse i 1520 av ledende svenske opposisjonelle.
Gustav Vasa løsrev Sverige fra den nordiske unionen gjennom å låne penger av Hansaforbundet. Sankthansaften i 1523 toget han inn i Stockholm, som nå ble kongelig hovedstad. Det svenske Østersjøveldet ble styrt fra slottet Tre kronor helt til det brant ned i 1679 og stormaktsveldet ble avviklet.
Først på slutten av 1800-tallet blir Stockholm et maktsentrum igjen gjennom industrialiseringen. Brede bulevarder og sjarmerende hus ble bygd, og byen blir en ekte metropol.
