Kongen i Sverige og Finland, Gustav Vasa, grunnla Helsinki i år 1550. Byen ble grunnlagt for å kunne ta opp den økonomiske kampen med daværende Tallin, som var en blomstrende hansaby. Helsinki vokste allikevel ikke som planlagt. Man hadde tvangskommandert dit en befolkning som senere fikk lov å flytte tilbake til sine hjemtrakter. Byen ble okkupert av Russland under krigen i 1713, som senere kom til å bli kalt den store ufreden. Før det hadde Helsinki vært hardt utsatt for nødsår, sult, uro og pest.
20 år senere, under det som senere er blitt kalt lille ufreden, ble Helsinki okkupert enda en gang av russerne. Det var noen år etter denne okkupasjonen at byen begynte å utvikle seg mot å bli den moderne byen den er i dag. Utviklingen kom i forbindelse med byggingen av Sveaborgs festning. Byggingen ble ledet av den svenske offiseren Augustin Ehrensvärd. I løpet av de første seksti årene var Sveaborgs festning en effektiv beskyttelse mot Russland, men i finskekrigen i 1808 tapte Sverige ikke bare Sveaborg, men også Finland til Russland. Så sent som i 1917 ble Finland selvstendig. Kort tid etter utbrøt den finske borgerkrigen. Under andre verdenskrig ble byen hardt rammet av bomber.
Helsinki’ t-bane blir innviet i 1982, og i år 2000 ble byen utnevnt til en av årets kulturhovedsteder.
Fra Oslo flyr man enklest til Helsinki (HEL). Flyselskaper som har gode tilbud på denne ruten er Air Baltic, Norwegian Air Shuttle, Norwegian Air Sweden, Finnair, Scandinavian Airlines. Typiske priser starter fra 1277 NOK, eller 1277 NOK med direktefly. Flyreiser mellom Oslo og Helsinki tar ca 18h, 0 min, og direktefly fra Oslo og Helsinki ca. 1h, 30 min. Helsingfors sentrum er 1,6 km. fra Helsinki. Andre flyplasser i nærheten av Helsingfors er Central Railway Stn (HEC), Helsinki Hernesaari Heliport (HEN), Helsinke-Malmi Airport (HEM), Helsingfors-Malmi (20918_HEM), Hyvinkaa (HYV).